Analyse de selles : les différents examens, les résultats normaux et comment lire le compte-rendu

Une analyse de selles (on parle aussi d'examen des selles ou de coprologie) étudie un petit échantillon de selles pour trouver la cause d'une diarrhée, de douleurs au ventre, d'un saignement ou d'une mauvaise digestion, ou pour dépister le cancer colorectal^[3][7]. Ce guide parcourt un compte-rendu complet, puis montre comment ses parties s'emboîtent. Chaque examen a sa propre page dans notre guide des marqueurs de selles.

Que peut-on trouver dans une analyse de selles ? Un compte-rendu complet, annoté

Les laboratoires rangent les résultats par blocs : aspect de l'échantillon, examen au microscope, chimie, marqueurs d'inflammation et de digestion, recherche d'infection^[7]. Voici à quoi peut ressembler un compte-rendu large après une semaine de diarrhée.

Exemple fictif de compte-rendu d'analyse de selles (format d'un laboratoire français)

Analyse	Résultat	Valeurs de référence	Signal
Aspect macroscopique : couleur	Brune	Brune
Aspect macroscopique : consistance	Liquide	Moulée	A
Sang occulte (test immunologique)	Négatif	Négatif
Examen cytologique : leucocytes	Présents	Absents	A
Examen parasitologique des selles	Absence d'œufs et de parasites	Absence
PCR multiplex gastro-intestinale : Campylobacter	Détecté	Non détecté	A
PCR multiplex gastro-intestinale : autres cibles	Non détectées	Non détectées
Calprotectine fécale	186 µg/g	< 50 µg/g	H
Élastase pancréatique fécale	412 µg/g	> 200 µg/g

1. L'aspect d'abord. Couleur et consistance n'ont pas de chiffre. « Liquide » décrit simplement la diarrhée que vous avez déjà.
2. « Négatif », « Non détecté », « Absence » veulent dire que le laboratoire n'a pas trouvé cet élément dans cet échantillon, pas qu'il ne peut jamais être là.
3. A (anormal) sert pour les résultats en oui ou non ; H (haut) pour un chiffre au-dessus des valeurs de référence. Le signal ne remplace jamais la lecture de l'ensemble.
4. L'histoire ici : une bactérie est trouvée, des globules blancs sont présents et la calprotectine est augmentée. Ensemble, ces lignes vont avec une infection intestinale bactérienne, qui peut à elle seule faire monter la calprotectine^[4].
5. Unités : calprotectine et élastase sont rendues en microgrammes par gramme de selles (µg/g) ; comparez toujours avec les valeurs imprimées par votre laboratoire.

Quels sont les différents examens de selles ?

Aucun laboratoire ne fait tous les examens sur chaque échantillon. Le médecin les choisit selon vos symptômes, vos voyages, vos médicaments et votre âge. Le tableau donne la réponse « normale » habituelle ; les valeurs de votre laboratoire font toujours foi.

Principaux examens de selles, ce qu'ils recherchent et leur résultat normal habituel

Examen	Ce qu'il recherche	Résultat normal habituel	Guide complet
Couleur, consistance, glaires, sang visible	L'aspect des selles	Brunes et moulées ; pas de sang, un peu de mucus peut être normal[7]	Couleur des selles, échelle de Bristol
Sang occulte (test immunologique ou au gaïac)	Du sang invisible à l'œil nu	Négatif[3]	Sang occulte dans les selles
Leucocytes, hématies (examen cytologique)	Au microscope, les signes d'un intestin enflammé ou qui saigne	Absents[7]	Leucocytes dans les selles
Examen parasitologique des selles (EPS)	Les parasites et leurs œufs	Absence[2]	Examen parasitologique
Coproculture	Des bactéries comme Salmonella, Shigella ou Campylobacter	Pas de germe pathogène[1]	Coproculture
PCR multiplex gastro-intestinale	Les gènes de nombreuses bactéries, virus et parasites en une fois	Non détecté	PCR multiplex des selles
Toxines ou gène de toxine de C. difficile	Une diarrhée après des antibiotiques ou une hospitalisation	Négatif ou non détecté	Toxine de C. difficile
Calprotectine fécale	Une inflammation de la paroi de l'intestin	Moins de 50 µg/g de 4 à 49 ans[7] ; plus haut chez le jeune enfant	Calprotectine fécale
Élastase pancréatique fécale	Le pancréas fabrique-t-il assez d'enzymes digestives ?	Plus de 200 µg/g[5]	Élastase fécale
Graisses fécales (fécalogramme sur 72 heures)	Les graisses mal absorbées	Moins de 6 g par jour[7] ; la SNFGE parle de stéatorrhée au-delà de 7 g[11]	Graisses dans les selles
Antigène H. pylori dans les selles	La bactérie de l'estomac en cause dans de nombreux ulcères	Négatif[6]	Antigène H. pylori
pH, sucres réducteurs	Des sucres mal absorbés, surtout chez l'enfant	pH de 7,0 à 7,5 ; acide sous 5,5[7]	pH des selles

Deux familles sont à distinguer. Les tests de dépistage (en France, le test immunologique du programme national) cherchent un cancer colorectal chez des personnes sans symptôme^[10]. Les examens diagnostiques (coproculture, PCR, examen parasitologique, calprotectine, élastase) cherchent la cause de symptômes déjà présents.

Comment lire ensemble les résultats d'une analyse de selles ?

Une ligne isolée donne rarement la réponse. Voici les associations que les médecins regardent le plus souvent.

Un germe trouvé, des signes d'inflammation

Une coproculture ou une PCR positive avec des leucocytes oriente vers une infection bactérienne : les globules blancs sont typiques des diarrhées bactériennes, pas des diarrhées virales ou parasitaires^[7]. La calprotectine peut aussi monter avec certaines infections bactériennes^[4] : un chiffre élevé pendant une infection ne veut donc pas dire maladie de Crohn. Le médecin peut simplement la recontrôler quelques semaines plus tard^[4].

PCR positive, coproculture demandée en plus

Les PCR multiplex sont rapides et remplacent la culture dans beaucoup de laboratoires^[1]. Quand une PCR trouve une bactérie, les recommandations américaines de l'IDSA demandent une culture du même échantillon, pour la surveillance des épidémies et quand le choix de l'antibiotique dépend de l'antibiogramme^[8]. Une culture ajoutée après une PCR positive est donc une étape normale, pas un signe que quelque chose va mal.

Aucun germe, calprotectine haute qui le reste

Une inflammation sans infection, confirmée sur un second dosage, est la situation qui mène chez le gastro-entérologue, souvent pour une coloscopie, à la recherche d'une rectocolite hémorragique ou d'une maladie de Crohn. La calprotectine peut aussi être un peu haute avec les anti-inflammatoires (AINS), la maladie cœliaque ou un cancer colorectal^[4].

Tout est normal, les symptômes persistent

Une calprotectine normale rend une inflammation de l'intestin peu probable^[4]. Pour une diarrhée liquide qui dure, les gastro-entérologues américains conseillent calprotectine ou lactoferrine, un antigène ou une PCR Giardia plutôt qu'un examen parasitologique systématique (sauf voyage), et une prise de sang pour la maladie cœliaque, avant de retenir un syndrome de l'intestin irritable^[9]. La SNFGE rappelle qu'une diarrhée est dite chronique au-delà d'un mois^[11].

Élastase basse et graisses dans les selles

Des selles grasses et malodorantes, une élastase sous 200 µg/g et un excès de graisses orientent vers le pancréas. Entre 100 et 200 µg/g, on parle d'insuffisance pancréatique exocrine modérée, sous 100 µg/g de forme sévère ; des selles liquides peuvent faire baisser le résultat à tort^[5]. La pancréatite chronique en est une cause.

Du sang caché retrouvé

Un test immunologique positif signale un saignement quelque part dans le tube digestif, pas forcément un cancer^[3]. En France, le test du dépistage organisé est positif dans 4 % des cas ; une coloscopie est alors prévue, et elle ne trouve aucune anomalie dans plus de la moitié des cas^[10]. Du sang que l'on voit est une autre situation : lisez notre page sur le sang visible dans les selles.

Pourquoi faire 3 analyses de selles pour les parasites ?

Un examen parasitologique négatif peut vouloir dire que l'échantillon contenait trop peu de parasites^[2] ; les laboratoires demandent souvent trois échantillons, et Giardia n'est retrouvé sur un seul échantillon que dans 50 à 70 % des cas^[7]. Si vous avez vu quelque chose bouger, notre guide sur les vers dans les selles explique quel examen choisir.

Analyse de selles : que faut-il éviter avant, et comment recueillir l'échantillon ?

La plupart des examens de selles ne demandent ni préparation particulière ni jeûne^[2][3]. Quelques-uns, si. Vérifiez chaque point avec la personne qui a prescrit l'examen, et n'arrêtez jamais un médicament sans avis.

• Test au gaïac : on peut vous demander d'éviter les AINS, la vitamine C au-delà de 250 mg par jour, la viande rouge et certains fruits et légumes crus. Le test immunologique ne demande en général aucun changement d'alimentation^[3].
• Antigène H. pylori : certains médicaments sont à arrêter deux semaines à un mois avant^[6], en général 4 semaines pour les antibiotiques et 1 à 2 semaines pour les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP)^[7].
• Calprotectine : signalez les AINS (aspirine, ibuprofène, naproxène) et les IPP, qui peuvent modifier le résultat^[4].
• Élastase : un échantillon solide ou pâteux convient le mieux ; les gélules d'enzymes pancréatiques peuvent devoir être suspendues^[5].
• Recueil : recueillez les selles sur un film plastique ou dans le pot, sans urine, sans eau des toilettes ni papier toilette, et rapportez-les au laboratoire le plus vite possible^[1]. Le test de dépistage se renvoie au plus tard 24 heures après le prélèvement, avec sa date^[10].
• Prévenez le laboratoire d'un voyage récent, d'antibiotiques ou d'une hospitalisation : cela change les examens utiles^[8].

Quand consulter un médecin ?

Pour des selles noires sans ces signes, voyez selles noires : causes et analyses.

Questions fréquentes

Peut-on détecter un cancer du côlon avec une analyse de selles ?

Le test immunologique cherche du sang invisible dans les selles. Il ne pose pas de diagnostic de cancer : un résultat positif mène à une coloscopie, qui trouve un polype dans 30 à 40 % des cas et un cancer dans 8 % des cas^[10]. Voir notre guide sur le cancer colorectal.

Un test de selles vaut-il une coloscopie ?

Non, ils n'ont pas le même rôle. La coloscopie regarde tout le côlon et retire les polypes pendant l'examen ; le test se fait chez soi, mais certains polypes ou cancers qui ne saignent pas lui échappent, d'où sa répétition tous les 2 ans^[10].

Faut-il refaire une analyse de selles après le traitement ?

Pour la plupart des infections intestinales, non : un contrôle n'est pas recommandé une fois la diarrhée guérie, sauf règles locales pour la collectivité d'enfants ou certains métiers^[8]. H. pylori fait exception : un test après traitement vérifie que la bactérie a disparu^[6].

Pourquoi un seul échantillon pour C. difficile ?

Pour C. difficile, un seul échantillon de selles diarrhéiques suffit ; en envoyer d'autres ne trouve pas plus de cas^[8].

Analyses et guides liés

• CoprocultureComment les bactéries sont cultivées et identifiées, et ce qu'apporte l'antibiogramme.
• Calprotectine fécaleLe marqueur d'inflammation qui distingue MICI et intestin irritable.
• Sang occulte dans les sellesCe qui suit un test immunologique positif.
• Examen parasitologique des sellesPourquoi le laboratoire demande souvent plusieurs échantillons.
• Selles vertes : causes et analysesQuand un changement de couleur mérite un examen de selles.

Références

1. MedlinePlus Medical Encyclopedia. Fecal culture. medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
2. MedlinePlus. Ova and parasite test. medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
3. MedlinePlus. Fecal occult blood test (FOBT). medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
4. MedlinePlus. Calprotectin stool test. medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
5. MedlinePlus. Stool elastase. medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
6. MedlinePlus. Helicobacter pylori (H. pylori) tests. medlineplus.gov (consulté le 29 octobre 2026)
7. Kasırga E. The importance of stool tests in diagnosis and follow-up of gastrointestinal disorders in children. Turk Pediatri Ars. 2019;54(3):141-148. PMID: 31619925 (consulté le 29 octobre 2026)
8. Shane AL, Mody RK, Crump JA, et al. 2017 Infectious Diseases Society of America clinical practice guidelines for the diagnosis and management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis. 2017;65(12):e45-e80. doi:10.1093/cid/cix669 (consulté le 29 octobre 2026)
9. Smalley W, Falck-Ytter C, Carrasco-Labra A, Wani S, Lytvyn L, Falck-Ytter Y. AGA clinical practice guidelines on the laboratory evaluation of functional diarrhea and diarrhea-predominant irritable bowel syndrome in adults (IBS-D). Gastroenterology. 2019;157(3):851-854. doi:10.1053/j.gastro.2019.07.004 (consulté le 29 octobre 2026)
10. Institut national du cancer (INCa). Le dépistage du cancer colorectal en pratique. Mis à jour le 18 mars 2026. cancer.fr (consulté le 29 octobre 2026)
11. Société nationale française de gastro-entérologie (SNFGE). Diarrhée chronique. Fiche grand public. snfge.org (consulté le 29 octobre 2026)

Cet article donne une information générale sur la santé. Il ne remplace pas un examen, un diagnostic ou un traitement par un médecin. Selles noires ou sanglantes, forte fièvre, douleur intense ou déshydratation : consultez sans attendre.