Le compte rendu de l'examen microscopique des urines correspond à la partie de votre analyse d'urine qui décrit ce qu'un laboratoire a réellement observé au microscope après centrifugation de votre échantillon. La bandelette urinaire fournit un aperçu chimique rapide ; l'examen microscopique, lui, examine le culot de centrifugation et en dénombre les éléments : globules rouges, globules blancs, bactéries, levures, cristaux, cylindres et cellules épithéliales. C'est pourquoi un seul échantillon d'urine peut donner lieu à un compte rendu comportant une douzaine de lignes distinctes, chacune avec sa propre unité et ses propres valeurs normales.
Dans cet article, vous découvrirez comment le laboratoire prépare la lame, pourquoi certains échantillons font l'objet d'un examen microscopique et d'autres non, et ce que signifie chaque ligne du compte rendu. Chaque résultat est présenté brièvement ici et renvoie à une page dédiée si vous souhaitez en savoir plus. L'objectif est de vous donner des repères : à la fin de cet article, vous devriez être en mesure de consulter votre propre résultat et de savoir quelle ligne est importante, laquelle est habituelle, et laquelle mérite d'en parler avec votre médecin.
Ce qu'est réellement l'examen microscopique des urines
L'urine n'est pas seulement de l'eau et des sels dissous. Elle contient également des éléments figurés, c'est-à-dire des particules solides qui conservent une forme reconnaissable. Certaines sont naturellement libérées par la paroi des voies urinaires. D'autres n'apparaissent qu'en cas d'inflammation, d'infection, de saignement ou d'une mauvaise filtration rénale. L'examen microscopique est la seule étape d'une analyse d'urine de routine qui identifie ces particules par leur aspect visuel plutôt que par une réaction chimique.
Cette distinction est importante, car la chimie peut être trompeuse. Une bandelette urinaire peut réagir à l'hémoglobine libérée par des globules rouges lysés, même lorsqu'il ne reste plus aucune cellule intacte. L'examen microscopique répond à une question différente : les cellules sont-elles physiquement présentes, en quelle quantité et à quoi ressemblent-elles ?
Sa place dans une analyse d'urine complète
Une analyse d'urine complète comporte trois niveaux. L'examen visuel note la couleur et l'aspect. La bandelette urinaire enregistre une dizaine de paramètres chimiques, notamment le pH, le glucose, les corps cétoniques, le sang et les protéines. L'examen microscopique constitue le troisième niveau ; il nécessite un technicien qualifié ou un analyseur d'imagerie, et non une simple grille de couleurs. Selon la Cleveland Clinic, ces trois parties sont prescrites ensemble, mais ne sont pas toujours réalisées ensemble.
Comment le laboratoire transforme votre échantillon en lame
La préparation est standardisée, et la comprendre explique plusieurs particularités du compte rendu. Un volume mesuré d'urine, généralement entre 10 et 12 millilitres, est placé dans un tube conique et centrifugé pendant quelques minutes. Les éléments figurés, plus lourds, se déposent au fond sous forme de culot. La majeure partie du liquide clair surnageant est éliminée, le culot est remis en suspension dans le petit volume restant, et une goutte de ce concentré est déposée sur une lame.
Étant donné que l'échantillon a été concentré avant d'être analysé, les résultats ne reflètent pas directement le nombre de cellules présentes dans votre vessie. Il s'agit de comptages effectués dans un champ de vision standardisé d'un concentré standardisé, ce qui explique précisément pourquoi les unités peuvent sembler inhabituelles.
Examen microscopique manuel versus analyseurs automatisés
De nombreux laboratoires traitent désormais les échantillons avec un analyseur automatisé de particules qui photographie ou trie par flux les éléments et les classe par logiciel. Ces appareils sont rapides et reproductibles, et les études comparant leurs résultats à ceux d'un technicien au microscope montrent une bonne concordance pour les globules rouges, les globules blancs et les cellules épithéliales malpighiennes. La concordance est moins bonne pour les cylindres et les cristaux atypiques, ce qui explique pourquoi la plupart des laboratoires conservent des règles de contrôle permettant d'envoyer certains échantillons à un examinateur humain pour une vérification manuelle.
Quand le laboratoire ajoute l'examen microscopique
Vous avez peut-être remarqué que certaines de vos analyses d'urine passées comportaient une section de microscopie tandis que d'autres s'arrêtaient à la bandelette urinaire. C'est délibéré, et les laboratoires appellent cela un examen microscopique réflexe. Plutôt que d'examiner chaque échantillon au microscope, le laboratoire définit des règles : si la bandelette dépasse certains seuils, l'examen microscopique est déclenché automatiquement sur le même échantillon, sans qu'une nouvelle consultation soit nécessaire.
Les déclencheurs habituels sont une plage sang positive, une plage protéines positive, une plage nitrites positive et une plage leucocyte estérase positive. Deux de ces plages méritent d'être comprises séparément, et nous expliquons le sous-produit bactérien à l'origine de l'une d'elles dans notre guide sur le test des nitrites urinaires et l'enzyme des globules blancs à l'origine de l'autre dans notre guide sur les résultats de la leucocyte estérase. Une valeur élevée de la bandelette protéines est également un déclencheur fréquent ; vous pouvez consulter ce que détecte cette bandelette dans notre guide sur les protéines urinaires.
Un clinicien peut également demander directement une microscopie, indépendamment de la bandelette urinaire, lorsqu'une question précise se pose, comme le suivi d'une maladie rénale connue ou l'investigation d'un saignement visible.
Lire votre rapport microscopique ligne par ligne
C'est la section que la plupart des gens viennent consulter. Le tableau ci-dessous passe en revue chaque ligne que vous êtes susceptible de voir, la façon dont le laboratoire la rapporte, ce qu'une valeur normale typique représente dans les laboratoires français, et ce qu'un résultat élevé peut indiquer. Les valeurs de référence varient d'un laboratoire à l'autre, aussi lisez toujours votre propre rapport en le comparant à la plage indiquée à côté.
| Trouver | Mode de rendu des résultats | Valeur normale typique | Ce qu'un résultat élevé peut indiquer |
|---|---|---|---|
| Globules rouges | Nombre par champ à fort grossissement, ou cellules par microlitre | 0 à 3 par champ à fort grossissement | Infection, calculs, exercice intense, contamination menstruelle, maladie de la vessie ou des reins |
| Globules blancs | Nombre par champ à fort grossissement | 0 à 5 par champ à fort grossissement | Infection urinaire, irritation, inflammation du rein |
| Bactéries | Aucun, rares, modérés, nombreux, ou un nombre par microlitre | Aucun ou rares | Véritable infection, ou contamination de l'échantillon par la peau et les organes génitaux |
| Levures | Présentes ou absentes, parfois graduées | Absentes | Infection à levures, contamination, diabète, antibiothérapie récente |
| Cellules épithéliales malpighiennes (squameuses) | Rares, modérées, nombreuses par champ à faible grossissement | Rares | Généralement un échantillon mal recueilli plutôt qu'une maladie |
| Cellules épithéliales tubulaires rénales | Nombre par champ à fort grossissement | Rares ou absents | Lésion des tubules filtrants du rein |
| Cylindres hyalins | Nombre par champ à faible grossissement | 0 à quelques-uns | Déshydratation, fièvre, exercice intense ; souvent sans signification pathologique |
| Cylindres cellulaires ou granuleux | Nombre par champ à faible grossissement | 0 par champ à faible grossissement | Maladie rénale active touchant les glomérules ou les tubules |
| Cristaux | Type nommé, puis rares, modérés ou nombreux | Quelques cristaux courants peuvent être normaux | Tendance à former des calculs, troubles métaboliques, certains médicaments |
| Mucus | Présent ou absent | De petites quantités sont normales | Irritation ou contamination ; rarement significatif seul |
| Spermatozoïdes | Présent ou absent | Peuvent être présents, sans signification pathologique | Éjaculation récente ; noté à titre d'information uniquement |
Mode de rendu des comptages
Deux unités dominent. Le champ à fort grossissement, abrégé HPF (high power field), correspond à ce que le technicien observe à un grossissement élevé ; il est utilisé pour les petits éléments tels que les globules rouges, les globules blancs et les cellules tubulaires rénales. Le champ à faible grossissement, abrégé LPF (low power field), offre une vue plus large utilisée pour les structures plus grandes comme les cylindres et les nappes de cellules squameuses. Les analyseurs automatisés rapportent souvent les cellules par microlitre, et votre laboratoire convertit ou imprime les deux. Les unités étant différentes, ne comparez jamais un chiffre d'un laboratoire avec celui d'un autre sans vérifier quelle unité a été utilisée.
Ce que des résultats élevés peuvent indiquer
Sang et inflammation
Les globules rouges au-dessus du nombre de référence sont appelés hématurie, et l'examen microscopique apporte quelque chose que la bandelette urinaire ne peut pas faire : analyser la forme des cellules. Des cellules rondes et uniformes proviennent généralement d'un endroit du tractus urinaire, comme un calcul ou la paroi de la vessie. Des cellules déformées et irrégulières suggèrent que le sang a traversé le filtre rénal lui-même. Nous détaillons ces deux cas dans notre guide sur les résultats d'hématurie urinaire. Les globules blancs élevés sont traités séparément dans notre guide sur les globules blancs dans les urines, et lorsque le taux est clairement augmenté, le compte rendu peut utiliser un terme spécifique, que nous définissons dans notre guide des résultats du test de pyurie.
Infection
La présence de bactéries sur une lame est évocatrice mais non concluante, car un échantillon peut se contaminer au passage. Ce qui a véritablement de la valeur, c'est la combinaison bactéries + globules blancs + profil de bandelette concordant. Nous expliquons comment les laboratoires évaluent ce résultat dans notre guide sur les bactéries dans les urines, et l'équivalent fongique dans notre guide sur les levures dans les résultats d'analyse d'urine. Lorsqu'une infection est réellement suspectée, la microscopie est une étape de dépistage et l'examen de confirmation est une culture, que nous détaillons dans notre guide sur les résultats d'une culture urinaire.
Indices d'origine rénale
Les cylindres sont les éléments les plus spécifiques du rein dans le compte rendu. Ils se forment à l'intérieur des petits tubules rénaux, en prenant leur forme cylindrique, et tout ce qui flottait dans le tubule se retrouve piégé à l'intérieur. Un cylindre rempli de globules rouges est un signe fort que le saignement a débuté dans le rein plutôt que dans la vessie. Nous décrivons chaque type dans notre guide sur les cylindres urinaires. Les cristaux, c'est une autre histoire : beaucoup se forment après refroidissement de l'échantillon plutôt qu'à l'intérieur de l'organisme, et nous distinguons les inoffensifs des significatifs dans notre guide sur les cristaux dans les urines. Les cellules épithéliales occupent une position intermédiaire, car leur origine détermine leur signification, comme l'explique notre guide sur les cellules épithéliales dans les urines.
Pourquoi le moment et les conditions du prélèvement influencent vos résultats
L'examen microscopique est particulièrement sensible à la façon dont l'échantillon a été manipulé, ce qui explique de nombreux résultats qui semblent inquiétants sans l'être réellement. Un prélèvement en milieu de jet, effectué après nettoyage et après avoir laissé passer le premier jet, réduit nettement la présence de cellules squameuses et de bactéries cutanées. Un échantillon recueilli directement dans un pot sans cette précaution montre souvent de nombreuses cellules squameuses, et un laboratoire qui en observe beaucoup notera fréquemment que l'échantillon est peut-être contaminé.
Le délai est tout aussi important. Laissée à température ambiante, l'urine se modifie : les bactéries se multiplient, les globules rouges et les cylindres fragiles se dégradent, et des cristaux peuvent précipiter au fur et à mesure que l'échantillon refroidit. Les laboratoires cherchent à analyser le culot urinaire dans les deux heures environ, ou à réfrigérer l'échantillon. Si votre prélèvement est resté dans une voiture ou une salle d'attente, un faible nombre de globules rouges ou un cylindre absent peuvent refléter ce délai plutôt que l'état de vos reins. La présentation de l'analyse d'urine par la Mayo Clinic souligne également l'importance d'un prélèvement propre.
Quand consulter un médecin
Une seule ligne anormale sur un compte rendu microscopique est rarement une urgence en soi, mais certaines combinaisons méritent une consultation rapide plutôt qu'une simple surveillance. Consultez un médecin sans tarder si vous observez du sang visible dans vos urines, si vous avez de la fièvre accompagnée de douleurs dans le dos ou les flancs, si vous ressentez des brûlures urinaires qui s'aggravent, ou si vous urinez très peu. Prenez un rendez-vous non urgent si des globules rouges sont signalés sur deux échantillons distincts, si des cylindres autres que des cylindres hyalins sont détectés, si des cellules épithéliales tubulaires rénales apparaissent, ou si bactéries et globules blancs sont tous deux élevés sans aucun symptôme. Apportez le compte rendu imprimé, car les chiffres exacts et les unités orientent bien mieux la suite que le souvenir d'une ligne de résumé.
Dernières avancées scientifiques
Les recherches publiées au cours des trois dernières années se sont moins concentrées sur de nouvelles découvertes au microscope que sur la fiabilité et le meilleur ciblage de cet examen. Voici ce qui a changé, en termes simples.
Des spécialistes européens en biologie médicale ont publié en 2024 une mise à jour complète de leur recommandation sur l'analyse d'urine — la première révision majeure depuis plus de vingt ans. Elle précise comment les échantillons doivent être prélevés, comment les particules doivent être comptées, et comment un laboratoire doit valider un nouvel automate par rapport à la microscopie avant de s'y fier. Ce que cela signifie concrètement pour vous : les unités et les seuils indiqués sur votre compte rendu tendent à s'harmoniser à l'échelle internationale, de sorte qu'un résultat provenant d'un laboratoire accrédité devrait de plus en plus correspondre à celui d'un autre.
Une équipe de Johns Hopkins a étudié ce qui se passe lorsqu'un échantillon d'urine attend. En travaillant sur des prélèvements de patients en soins intensifs, les chercheurs ont remesuré les mêmes urines à intervalles réguliers sur six heures et ont constaté que le nombre de bactéries augmentait, tandis que les globules rouges et les cylindres anormaux diminuaient. La plupart des autres composants restaient stables. Ce que cela signifie pour vous est simple et concret : un échantillon qui traîne peut surestimer une infection et sous-estimer un saignement ou une atteinte rénale — apporter rapidement votre prélèvement au laboratoire, ou le refaire en cas de délai trop long, améliore réellement la fiabilité du résultat. Il s'agit d'une petite étude réalisée dans un seul contexte, elle indique donc une tendance plutôt qu'elle ne tranche définitivement la question.
Un groupe hospitalier au Brésil a étudié quels résultats de bandelette urinaire devraient déclencher un examen microscopique du sédiment par un technicien. En analysant plusieurs centaines d'échantillons, ils ont constaté qu'une lecture de protéines à une croix ou plus, ou une lecture de sang à deux croix ou plus, permettait de détecter environ sept échantillons sur dix contenant des anomalies rénales, tout en écartant la plupart des autres. Ce que cela signifie pour vous, c'est que la règle déterminant si votre échantillon fait l'objet d'un examen microscopique repose désormais sur des données probantes plutôt que sur l'habitude, même si chaque laboratoire l'adapte à sa propre patientèle.
Du côté des appareils, une équipe belgo-finlandaise a évalué un analyseur à cellule de flux plus récent — c'est-à-dire une machine qui photographie les particules au fur et à mesure qu'elles passent devant une caméra — en le comparant à un technicien utilisant la microscopie à contraste de phase sur plus de mille échantillons frais. La concordance était très bonne pour les globules rouges, les globules blancs et les cellules squameuses, et nettement meilleure que les anciens appareils pour distinguer les types de cristaux. La concordance était la plus faible pour les cylindres. Ce que cela signifie pour vous : l'automatisation est désormais fiable pour les résultats courants de votre compte rendu, tandis que les lignes spécifiques aux reins bénéficient encore d'une vérification humaine.
Enfin, une revue publiée dans un journal de biologie clinique a passé en revue les applications de l'intelligence artificielle à l'analyse d'urine, depuis la classification des images de sédiment jusqu'au dépistage des infections urinaires. Les auteurs ont conclu que les résultats sont encourageants jusqu'à présent, mais qu'ils proviennent presque entièrement d'études rétrospectives portant sur des données archivées, et que de grandes études prospectives suivant les patients dans le temps sont encore nécessaires. Ce que cela signifie pour vous, c'est que ces outils font leur entrée dans les laboratoires, mais qu'ils assistent le technicien sans le remplacer, et qu'un médecin interprète toujours le résultat en tenant compte de vos symptômes.
Glossaire
| Terme | Définition |
|---|---|
| Culot urinaire | La matière solide qui se dépose au fond du tube après centrifugation de l'urine. C'est la partie déposée sur la lame et analysée au microscope. |
| Éléments figurés | Toute particule présente dans l'urine qui conserve une forme reconnaissable, notamment les cellules, les cylindres, les cristaux et les micro-organismes. |
| Champ à fort grossissement (HPF) | Le cercle de vision à fort grossissement. Les petits éléments tels que les globules rouges et les globules blancs sont comptés par champ à fort grossissement (CFG). |
| Champ à faible grossissement (CFG) | Le cercle de vision plus large à faible grossissement, utilisé pour compter les structures plus grandes comme les cylindres. |
| Cylindre urinaire | Un cylindre de protéines formé à l'intérieur d'un tubule rénal, qui peut emprisonner des cellules. La présence de cylindres indique que l'anomalie provient du rein lui-même. |
| Hématie dysmorphique | Un globule rouge à la forme déformée, ce qui suggère qu'il a été endommagé en traversant le filtre rénal. |
| Passage à l'examen microscopique | Une règle de laboratoire qui ajoute automatiquement l'examen microscopique au même échantillon lorsque certains résultats de bandelette urinaire sont positifs. |
| Recueil du milieu de jet | Une méthode de recueil dans laquelle la zone est nettoyée et le premier jet est écarté, afin de réduire la contamination de l'échantillon. |
| Microscopie à contraste de phase | Un réglage du microscope qui augmente le contraste des structures transparentes, facilitant la visualisation des cylindres pâles et des contours cellulaires. |
| Cellule épithéliale malpighienne | Une grande cellule aplatie provenant de l'orifice urinaire externe ou de la peau génitale. La présence de nombreuses cellules de ce type indique généralement un échantillon contaminé. |
FAQ
Quelles sont les valeurs normales à l'examen microscopique des urines ?
La plupart des laboratoires américains considèrent comme normaux zéro à trois globules rouges et zéro à cinq globules blancs par champ à fort grossissement, les cylindres étant rapportés à zéro par champ à faible grossissement, à l'exception de rares cylindres hyalins. Les bactéries, les levures et les cellules tubulaires rénales sont normalement absentes ou très rares, tandis que quelques cellules squameuses et quelques cristaux courants sont acceptables. Ces chiffres proviennent des intervalles de référence que chaque laboratoire valide pour ses propres instruments et sa propre population ; c'est donc la plage indiquée à côté de votre résultat qui s'applique à votre cas.
Que signifient les « cellules de pus » sur un compte rendu d'examen microscopique des urines ?
« Cellules de pus » est un terme ancien encore utilisé dans certains comptes rendus pour désigner les globules blancs observés dans le culot urinaire. Cela ne signifie pas qu'il y a du pus visible dans vos urines. Le comptage se lit de la même façon que n'importe quelle numération de globules blancs, par champ à fort grossissement, et l'interprétation est identique : quelques cellules peuvent être normales, tandis qu'un nombre nettement élevé évoque une infection ou une inflammation quelque part dans les voies urinaires. Si votre compte rendu utilise cette formulation, lisez-la comme la ligne des globules blancs.
Que signifie un résultat anormal à l'examen microscopique des urines ?
Cela signifie qu'un ou plusieurs éléments ont été détectés en quantité supérieure aux valeurs de référence, ou qu'un élément normalement absent était présent. En soi, c'est un signal qui mérite d'être approfondi, pas un diagnostic. Le même résultat peut s'expliquer par une infection, un calcul, un effort physique intense récent, les règles, un médicament, ou simplement un échantillon mal recueilli ou analysé tardivement. Votre médecin évalue l'ensemble des résultats, vos symptômes et vos antécédents avant de décider si une action est nécessaire.
Faut-il faire une culture d'urine (ECBU) en plus de l'examen cytobactériologique ?
Pas toujours. L'examen microscopique peut suggérer une infection lorsque des bactéries et des globules blancs apparaissent ensemble, mais il ne permet pas d'identifier le germe ni de prédire quel antibiotique sera efficace. Une culture urinaire répond à ces deux questions ; elle est généralement demandée lorsque les symptômes orientent vers une infection, lorsque le culot et la bandelette urinaire concordent, en cas de grossesse, ou lorsqu'un traitement précédent a échoué. Si le culot est normal et que vous n'avez aucun symptôme, une culture est souvent inutile.
Pourquoi mon taux de cellules épithéliales est-il élevé ?
Le plus souvent, cela est lié aux conditions de recueil de l'échantillon plutôt qu'à un problème de santé. Les cellules squameuses proviennent de la peau autour du méat urinaire ; un prélèvement effectué sans nettoyage préalable, ou sans laisser s'écouler le premier jet d'urine, en recueille en grande quantité. Les laboratoires signalent souvent ces échantillons comme potentiellement contaminés et peuvent demander un nouveau prélèvement. Les cellules épithéliales tubulaires rénales sont une autre affaire et font l'objet d'un suivi, car elles proviennent de l'intérieur du rein.
Combien de temps faut-il pour obtenir les résultats d'un examen microscopique des urines ?
L'examen lui-même ne prend que quelques minutes une fois l'échantillon arrivé au laboratoire, et de nombreux laboratoires ambulatoires communiquent l'analyse d'urine complète, y compris la partie microscopique, le jour même. Les délais sont généralement liés au transport plutôt qu'à l'analyse. Comme le sédiment évolue en quelques heures à température ambiante, les laboratoires préfèrent l'examiner rapidement ou réfrigérer l'échantillon ; déposer votre prélèvement sans tarder contribue donc à la fois à la rapidité et à la fiabilité du résultat.
Sources
- A.D.A.M. Health Solutions — Analyse d'urine — Encyclopédie médicale MedlinePlus, Bibliothèque nationale de médecine, révisé en 2025 — medlineplus.gov
- Cleveland Clinic — Analyse d'urine : définition, objectif, déroulement, résultats et types — Cleveland Clinic Diagnostics and Testing, révisé en 2024 — my.clevelandclinic.org
- Mayo Clinic — Urinalysis — Mayo Clinic Tests and Procedures, 2025 — mayoclinic.org
- Kouri TT, Hofmann W, Falbo R, Oyaert M, et al. — The EFLM European Urinalysis Guideline 2023 — Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, 2024 — doi.org/10.1515/cclm-2024-0070
- Parikh PC, Souza SD, Obeid W — Changes in the composition of urine over six hours using urine dipstick analysis and automated microscopy — BMC Nephrology, 2025 — doi.org/10.1186/s12882-024-03933-z
- Freitas PAC, da Silva YDS, Poloni JAT, Veronese FJV, Goncalves LFS — Dipstick Proteinuria and Hematuria as Triggers for Manual Microscopic Review in Nephrology Patients — Journal of Clinical Medicine, 2025 — doi.org/10.3390/jcm14134522
- Oyaert M, Kouri T, Carton E, Deprez S, Lambrecht S, Speeckaert M — Evaluation of AUTION EYE AI-4510 flow cell morphology analyzer for counting particles in urine — Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, 2025 — doi.org/10.1515/cclm-2024-1163
- De Bruyne S, De Kesel P, Oyaert M — Applications of Artificial Intelligence in Urinalysis: Is the Future Already Here? — Clinical Chemistry, 2023 — doi.org/10.1093/clinchem/hvad136
Pour aller plus loin
- Avant d'interpréter un résultat, vérifiez la concentration de votre échantillon en consultant notre guide sur les résultats de la densité urinaire.
- Comparez ce que vous observez visuellement avec ce que le laboratoire mesure grâce à notre guide des couleurs de l'urine.
- Découvrez l'infection qui explique le plus souvent la présence de bactéries et de globules blancs élevés dans notre guide sur les infections urinaires.
- Pour comprendre pourquoi certains cristaux sont importants, consultez notre article sur guide sur les symptômes et le traitement des calculs rénaux.
- Pour approfondir un compte rendu mentionnant des cylindres ou des cellules tubulaires, consultez notre guide sur l'insuffisance rénale chronique.
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