Un panel multiplex gastro-intestinal analyse un seul \u00e9chantillon de selles \u00e0 la recherche de plus de vingt pathog\u00e8nes simultan\u00e9ment et fournit une r\u00e9ponse en une \u00e0 cinq heures. Par rapport \u00e0 l'ancienne approche, o\u00f9 la culture, la microscopie et les tests antig\u00e9niques \u00e9taient prescrits s\u00e9par\u00e9ment sur plusieurs jours, il s'agit d'une avanc\u00e9e consid\u00e9rable.<\/p>\n
Cela cr\u00e9e \u00e9galement un probl\u00e8me qui n'existait pas auparavant. Ces panels \u00e9tant extr\u00eamement sensibles et recherchant des micro-organismes que personne ne suspectait sp\u00e9cifiquement, ils d\u00e9tectent r\u00e9guli\u00e8rement des \u00e9l\u00e9ments pr\u00e9sents mais non responsables des sympt\u00f4mes. Savoir lire un rapport multiplex, c'est apprendre \u00e0 distinguer les d\u00e9tections qui n\u00e9cessitent une action de celles que l'on peut mettre de c\u00f4t\u00e9.<\/p>\n
Un panel multiplex est un test mol\u00e9culaire qui amplifie et d\u00e9tecte simultan\u00e9ment de nombreux agents pathog\u00e8nes diff\u00e9rents en une seule r\u00e9action, en utilisant des jeux d'amorces et des sondes fluorescentes distincts pour chacun. Dans le cadre des analyses gastro-intestinales, un panel classique couvre \u00e0 la fois les bact\u00e9ries, les virus et les parasites.<\/p>\n
Les syst\u00e8mes commerciaux couramment utilis\u00e9s comprennent BioFire FilmArray, QIAstat-Dx, BD MAX Enteric panels, Luminex NxTAG et EntericBio ; ils diff\u00e8rent par leur liste de cibles, leur d\u00e9lai de rendu des r\u00e9sultats et leur capacit\u00e9 de traitement. Certains sont \u00e0 base de cartouches et peuvent \u00eatre utilis\u00e9s individuellement, d'autres fonctionnent par lots.<\/p>\n
La technique est identique \u00e0 celle de toute PCR, r\u00e9alis\u00e9e en parall\u00e8le de nombreuses fois. L'acide nucl\u00e9ique est extrait de l'\u00e9chantillon de selles, puis r\u00e9parti dans des r\u00e9actions contenant des amorces sp\u00e9cifiques \u00e0 chaque cible. Les cibles ARN, c'est-\u00e0-dire les virus ent\u00e9riques, n\u00e9cessitent au pr\u00e9alable une \u00e9tape de transcription inverse ; ces panels combinent donc RT-PCR et PCR classique. L'amplification est suivie en temps r\u00e9el, et chaque cible est distingu\u00e9e par son propre canal fluorescent, par analyse de la temp\u00e9rature de fusion ou par s\u00e9paration physique dans un r\u00e9seau microfluidique.<\/p>\n
Le d\u00e9fi technique r\u00e9side dans le fait que les amorces de plus de vingt cibles doivent coexister dans la m\u00eame r\u00e9action sans r\u00e9agir entre elles, tout en maintenant une sensibilit\u00e9 optimale pour chacune. Les syst\u00e8mes modernes \u00e0 cartouches r\u00e9solvent ce probl\u00e8me en compartimentant physiquement les r\u00e9actions, ce qui explique leurs bonnes performances, mais aussi leur co\u00fbt nettement plus \u00e9lev\u00e9 que les tests ciblant un seul agent.<\/p>\n
Aucun je\u00fbne ni pr\u00e9paration alimentaire n'est n\u00e9cessaire. Une prise r\u00e9cente d'antibiotiques doit \u00eatre signal\u00e9e, car elle r\u00e9duit la charge bact\u00e9rienne et peut entra\u00eener de faux n\u00e9gatifs. Le moment du pr\u00e9l\u00e8vement est important : effectuer le pr\u00e9l\u00e8vement pendant la phase active des sympt\u00f4mes permet d'obtenir les meilleurs r\u00e9sultats.<\/p>\n
Un seul \u00e9chantillon de selles est recueilli dans un r\u00e9cipient contenant souvent un milieu de transport tel que le Cary-Blair. Suivez les instructions du kit concernant le volume et les conditions de conservation, et \u00e9vitez toute contamination par l'urine ou l'eau des toilettes.<\/p>\n
Les syst\u00e8mes \u00e0 cartouche rendent les r\u00e9sultats en environ une \u00e0 cinq heures. Les plateformes de laboratoire traitant les \u00e9chantillons en s\u00e9rie peuvent prendre une journ\u00e9e. Un point pratique important : un r\u00e9sultat bact\u00e9rien positif issu d'un panel mol\u00e9culaire ne fournit pas d'isolat ; si un antibiogramme ou un typage de souche \u00e0 des fins de sant\u00e9 publique est n\u00e9cessaire, une culture de confirmation doit \u00eatre demand\u00e9e s\u00e9par\u00e9ment.<\/p>\n
Les r\u00e9sultats sont rendus sous forme de \u00ab d\u00e9tect\u00e9 \u00bb ou \u00ab non d\u00e9tect\u00e9 \u00bb pour chaque cible du panel. La plupart des comptes rendus listent toutes les cibles ; il est donc normal d'obtenir une page remplie d'entr\u00e9es \u00ab non d\u00e9tect\u00e9 \u00bb avec un ou deux r\u00e9sultats positifs.<\/p>\n